上海应物所合作研究实现“中国地图”上的DNA纳米芯片

基因芯片(DNA芯片)是遗传分析领域的重要工具。常用的DNA芯片都是将DNA探针分子固定在固态基片上，因此往往会受到固液界面反应效率的限制。最近，中科院上海应用物理研究所物理生物学实验室和上海交通大学Bio-X研究院的研究人员合作，发展了一种基于DNA纳米技术的液态DNA芯片，可以在溶液中的纳米级“中国地图”表面实现DNA杂交反应，并实现可寻址的高灵敏基因检测。相关论文已发表于材料领域著名杂志《先进材料》 (Advanced Materials, 2010, 22, 2672-2675)。

    DNA纳米技术是近年来新兴的前沿交叉领域，宗旨是利用DNA分子卓越的自组装和识别能力，将其作为一种纳米材料实现精确的自底向上的纳米构筑。2006年，加州理工学院的Rothemund博士发展出了DNA折纸术(Nature 2006)，被誉为DNA纳米技术领域的一个重要里程碑。理论上，DNA折纸术可以用DNA分子设计任意形状的图形和三维结构，已在构筑DNA分子计算机、DNA分子机器、生物传感器和生物芯片等方向发挥了重要作用。DNA折纸术的一个重要应用是美国亚利桑那州立大学的颜颢教授(上海应用物理所客座研究员)首先提出在对称的DNA方块上进行RNA的杂交检测(Science 2008)，从而实现了DNA纳米技术向生物领域的回归。

    2003年，DNA计算合作组在上海市科委支持及贺林院士的创导和领导下成立了。DNA折纸术问世之后该合作组迅速以此为切入口，发挥生物、纳米、计算等多学科交叉的优势，完成了将DNA折纸术从最初的对称图形到不对称图形的设计，并在贺林、樊春海、胡钧等指导下，由钱璐璐博士“绘制”了基于DNA折纸术的纳米尺度“中国地图”(《科学通报》2006)，成为该领域第二个发表的重要工作。

    在此基础上，该合作组的张钊博士充分利用地图的不对称性和可寻址的特点，实现了无需编码索引而空间可寻址的液相DNA纳米芯片，并通过原子力显微镜技术实现纳米芯片的信号输出。同时，张钊等又通过在“中国地图”表面引入链置换反应，增加了DNA杂交过程的特异性，从而实现对单碱基变异性的高特异性分辨，这为基于单碱基多型性的遗传分析提供了一个新的纳米工具，相关论文已发表于纳米领域重要杂志Small (2010, 6, 1854-1858)，并被选为当期的Frontispiece论文。