为了实现以自主研发和创新为核心来认定高新技术企业，新《认定办法》在认定工作中取消了《高新技术产品目录》。大家知道，上世纪90年代出台的高新技术企业认定管理办法是针对国际上高新技术产业蓬勃兴起，国内外差距较大的情况下制定的，当时在许多领域建立生产能力是第一位的问题，编制《产品目录》用来界定高新技术企业具有历史的合理性。但是，随着时间的推移，以《产品目录》为导向来认定高新技术企业已不适应我国科技、经济快速发展的要求，造成一些地方将只具备产品生产加工能力，不从事自主研发，长期处于高新技术产业链和价值链低端的加工型企业也被认定为高新技术企业。同时，大量伴随着现代服务业发展起来的从事技术开发和技术服务的企业又不能被纳入高新技术企业的范畴。因此，新《认定办法》根据国家中长期科技发展规划和“十一五”发展规划，结合节能减排、保护环境、促进民生的重点任务，配套编制了《国家重点支持的高新技术领域》，用来判断企业所进行的研究开发与产业化活动是否具有创新性，是否符合国家重点支持方向，同时兼顾支持技术型服务业，并将成熟技术和不符合国家产业政策的领域排除在外，避免了《产品目录》的局限性。

《认定办法》所说的高新技术产品（服务），是指企业通过技术创新、开展研发活动所形成的符合《重点领域》要求的产品和服务。在具体认定时，专家将根据以上定义对高新技术产品（服务）进行界定，原《高新技术产品目录》不再使用。

新《认定办法》根据形势的发展和我国企业的实际情况，按照不同的企业规模，对研发费用占销售收入的比例进行了必要的调整。
大家知道，上世纪90年代，我国的高新技术企业大都处于创业发展阶段，企业主要从事技术开发和产品开发，销售规模较小，原认定办法把企业研发费用占销售收入的比例定为5%，符合当时我国高新技术企业的发展情况。
进入21世纪以来，我国高新技术企业取得了较大发展，经济规模增长迅速。同时也呈现出一个规律：随着经济规模的扩大，企业的研发投入占销售收入的比例较初创期有所降低。这是因为，初创期的企业主要从事技术和产品开发活动，在这个阶段，企业研发投入大，销售收入少，因此研发投入的比重较大。当企业度过初创期后，随着经济规模的扩大，企业除了将一部分经费用于研究开发外，还需投入大量经费用于市场开拓和扩大生产能力，因此在这个阶段，研发投入的比重较初创期有所降低。
通过对全国高新技术企业研发强度的统计分析，考虑到我国不同规模企业的发展现实，新《认定办法》对企业研发费用占销售收入的比例进行了适度调整，将销售收入为5000万以下企业，比例定为6%；销售收入为5000万—2亿的企业，比例定为4%；销售收入为2亿元以上的企业，比例定为3%。这样做既能引导企业保持较高强度的研究开发投入，符合国家自主创新的政策导向，又能适应不同规模企业的客观发展规律，执行起来更加合理可行。

《认定办法》所说的5年以上独占许可是指在全球范围内技术接受方对协议约定的知识产权（专利、软件著作权、集成电路布图设计专有权、植物新品种等）享有五年以上排他的使用权，在此期间内技术供应方和任何第三方都不得使用该项技术。

（1）企业进行自我评价。企业在申请高新技术企业认定之前应认真阅读相关文件和认定标准，客观进行自我评价。认为符合认定条件的，则可在“高新技术企业认定管理工作网”上进行企业注册登记。
（2）进行网上注册登记。企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，填写注册登记表，将填好的注册登记表发至认定机构。认定机构完成企业身份确认，并将用户名和密码通过网络告知企业。
（3）企业提交认定申请。企业根据自己的用户名和密码进入网上认定管理系统，填写“高新技术企业认定申请书”发至认定机构，并将规定的申请材料提交认定机构。
（4）认定机构组织认定。认定机构收到企业完整的申请材料后，组织专家审查，提出认定意见，确定认定企业名单。
（5）公示和颁发认定证书。经认定的高新技术企业，在“高新技术企业认定管理工作网”上公示15个工作日。公示有异议的，由认定机构对有关问题进行查实处理，属实的应取消高新技术企业资格；公示无异议的，报领导小组办公室备案，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并由认定机构颁发“高新技术企业证书”（加盖科技、财政、税务部门公章）。

《认定办法》所说的高新技术产品（服务）收入，是指企业通过技术创新、开展研发活动所形成的符合《重点领域》要求的产品（服务）所获得的收入与企业技术性收入的总和。
技术性收入主要包括（1）技术转让收入：指企业的技术创新成果通过技术贸易、技术转让所获得的收入；（2） 技术承包收入：包括技术项目设计、技术工程实施所获得的净收入；（3）技术服务收入：指企业利用自己的人力、物力和数据系统等为社会和用户提供技术方案、数据处理、测试分析及其他类型的服务所获得的收入；（4）接受委托科研收入：指企业承担社会各方面委托研究开发、中间试验及新产品开发所获得的收入。

研究开发费用包括：研发人员人工、研究开发直接费用、研究开发设施折旧、研究开发设计费、研究开发设备调整费、研发活动无形资产摊销、其他研究开发费用、委托外部研究开发费用支出等。企业应按照新会计准则，完善财务制度，建立研究开发费用支出辅助帐，认真对每个研究开发项目进行费用登记，并以此为基础归集企业年度研究开发费用支出情况。

研究开发活动可采用行业标准判断、领域专家判断、目标结果判定相结合的方法进行判定。

一是行业标准判断法。若国家有关部门、全国（世界）性行业协会具备相应资质的机构提供了测定科技“新知识”、“创造性运用科学技术新知识”或“实质性改进技术、产品和服务”等技术参数（标准）,则按此参数（标准）来判断企业所进行的项目是否为研究开发活动。

二是领域专家判断法。

如果企业所在行业中没有发布公认的研发活动测度标准，则通过本行业专家进行判断。判断的原则是：获得新知识、创造性运用新知识以及技术的实质改进应当是企业所在技术（行业）领域内可被同行业专家公认的、有价值的进步。

三是目标结果判定法。检查研发项目的立项、预算报告，重点了解进行研发活动的目的（创新性），研发活动是否形成项目成果或阶段性成果，如专利等知识产权或其他科技成果。

对知识产权的评价，主要考核企业获得知识产权的情况。包括企业获得专利、软件著作权、集成电路布图设计、植物新品种的数量等。企业在申请高新技术企业认定时，需提供知识产权的有效证明（国家权威机构的证书、批文）。

科技成果转化能力是指企业对技术成果进行应用性开发，形成产品、服务或样品、样机的能力。在具体认定时，主要考核企业最近3年内科技成果转化的年平均数。

对企业研究开发的组织管理水平的评价，主要包括五个方面：（1）企业在开展研究开发活动时，是否制定了研究开发项目立项报告;（2）企业是否建立了研发投入核算体系；（3）企业是否开展了产学研合作的研发活动；（4）企业是否设有研发机构并具备相应的设施和设备；（5）企业是否建立了研发人员的绩效考核奖励制度。

对企业成长性的评价，主要是根据企业近三年的财务数据，评价企业的销售收入和总资产的增长速率，并得到相应的分值。

《认定办法》规定，研究开发活动是指企业为获得科学技术（不包括人文、社会科学）新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品和服务而持续进行的具有明确目标的系统活动。

按照以上定义，研究开发活动可理解为由科学研究活动与技术开发活动两大部分构成。科学研究活动是指为获得科学技术的新知识、创造性地运用科学技术新知识、探索技术的重大改进而从事的有计划的调查、分析和实验活动；技术开发活动是指为了实质性改进技术、产品和服务，将科研成果转化为质量可靠、成本可行、具有创新性的产品、材料、装置、工艺和服务的系统性活动。

研究开发活动定义中所说的创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务），是指企业在技术、产品（服务）方面的创新取得了有价值的进步，对本地区（省、自治区、直辖市或计划单列市）相关行业的技术进步具有推动作用，不包括企业从事的常规性升级或对某项科研成果直接应用等活动（如直接采用新的工艺、材料、装置、产品、服务或知识等）。